新西兰海军的统帅机构是海军参谋部，位于惠灵顿。海军参谋长为海军最高统帅。现任海军参谋长是皮特·迈克哈菲海军少将，副参谋长是戴维·莱德逊海军准将。下属3名参谋长助理分别负责开发与作战、物资和人事。另有一名海军后备役顾问。海军司令部是参谋部直属的作战指挥的执行机构，位于奥克兰，它直接统领海军各部队。现任海军司令是麦克·伍德沃海军准将。司令部成员还有4名上校指挥官，分别负责作战、后勤、人事和训练及水文航道。还有一名文职财务总监。海军司令部下辖海军现役部队和海军后备役部队。

    海军现役部队中有海军作战部队，其主力为3艘护卫舰，分别为“特卡哈”号、“特马那”号和“坎德伯雷”号。另有1艘“努力”号油料补给船和1艘“卡胡”号训练船。海岸巡逻部队有4艘巡逻艇。潜艇支援部队中“马那瓦内”号为其主要支援船。海洋水文部队的主要舰只是“坚定”号航道测量船。另外还有反水雷部队。新西兰海军基地位于第沃波特，负责对舰船进行管理，并提供物资供应和训练支援。此外，海洋修理厂由新西兰巴布考克斯有限公司经营，承担海军舰船必要的维护修理工作。