新殖民地也面临许多问题。当时土地买卖投机活动一直十分猖獗，许多毛利人开始注意到如今土地的价格是当年他们出售所得的20倍。

    这种不公正的买卖活动所产生的直接后果就是1858年北岛中部的一些部落推选出毛利“国王”。以前毛利人从来没有过这种头衔，因为他们只宣誓为某个部落或分部落效忠。但是人们希望国王的“玛纳"(“神灵权威")能够把许多部落团结起来，保护土地，使其不至于被帕克哈(欧洲白人)所购买。可惜事与愿违。

    1860年6月殖民当局以明目张胆的欺诈方式购得怀塔拉部落的土地，这就是所谓的《怀塔拉土地交易》。这导致另一些毛利部落在塔拉纳基揭竿而起，反对政府。匆忙被召集起来的英国正规军在怀塔拉南部几乎全军覆没。

    随后几天北岛硝烟弥漫，毛利人和帕克哈人之间冲突不断，“第二次新西兰战争”由此爆发。和1840年的暴乱一样，双方作战时都异常英勇，浴血奋战，杀得难解难分。在1865年以前的战斗中，帕克哈人方面，英国正规军一直冲锋在前，有14人获得英国战争方面的最高荣誉——维多利亚十字勋章。

    从1865年到1872年(1872年是官方宣布战争结束的年份，但实际上零星战斗一直持续到毛利国王正式投降的1881年)，地方民兵组织和警察部队在战争中扮演了重要角色；另外，有些没有加入毛利国王同盟的部落也在帮助英国人。

    尽管战祸连年，新西兰的前景却持续看好。南岛发现了黄金，这导致19世纪60年代早期出现了新的移民浪潮；1865年，首都由奥克兰迁至惠灵顿；人们在寻找牧场的过程中开发了国内的大片土地。